屋上緑化して土をいれると、ミミズとか微生物 …

微生物の研究者です。微生物は間違いなくその生態系の中で継続的に生きていくものと思われます。彼らは（様々な種類のものの集まりということもあり）環境の変化に対して柔軟に対処しますので、それまでいた場所と状況が一変したとしても、それなりに増えて生活していくものと思います。ミミズは判りません。経験上、ミミズのいないところにミミズを導入しようとしてもなかなか上手くいかず全滅したりしましたが、上手くすればミミズも屋上庭園のようなところで増えたり経代したりすると思います。